Boris Fyodorovich Godunov là một thành viên nổi tiếng của một gia đình người Tatar (hiện nay đã tuyệt chủng), vốn có nguồn gốc từ người Mông Cổ thuộc hãn Horde (Hãn Lều vàng - Mông Cổ), xuất hiện ở Kostroma vào thế kỷ XIV. Ông là hậu duệ của hoàng tử Tatar là Chet, người đã đi từ hãn Lều vàng đến Nga và thành lập Tu viện Ipatiev ở Kostroma[2]. Boris là con trai của Feodor Ivanovich Godunov "Krivoy" ("một mắt") (chết khoảng 1568–1570) và vợ là Stepanida Ivanovna. Anh trai của ông Vasily qua đời khi còn trẻ.

Godunov tham gia vào chính quyền của Ivan IV với tư cách là chỉ huy quân cận vệ của nhà vua sau khi chiến dịch Serpeisk năm 1570 giành thắng lợi (Boris từng là tay bắn cung thiện xạ). Để dần dần lên nắm quyền lực cao hơn, Boris chủ động mai mối em gái mình là Irina Godunova (1557 - 26 tháng 10/23 tháng 11 năm 1603) với con trai của Sa hoàng là Feodor Ivanovich, 14 tuổi (1557–1598) - người thừa kế tương lai của nước Nga. Nhân dịp này, Godunov được phong thành Boyar[2]. Tháng 11/1581, Godunov cố gắng can thiệp khi Sa hoàng giết con trai là Thái tử Ivan, nhưng bị nhà vua đánh cho tơi tả. Về sau, nhà vua ăn năn sau khi giết con trai; Boris lập tức quay sang ủng hộ người thừa kế mới là Feodor Ivanovich[3].

Ba năm sau, trên giường bệnh lúc lâm chung, Ivan IV bổ nhiệm một Hội đồng nhiếp chính gồm Godunov, Feodor Nikitich Romanov, Vasili Shuiski và những người khác để hướng dẫn con trai và người kế nhiệm của ông ta là Feodor I, người yếu đuối cả trong tâm trí và cơ thể. Ivan IV qua đời để một mớ hỗn độn về vấn đề thừa kế ngai vàng: Theo quy định của Giáo hội Chính thống, những người con của Sa hoàng được sinh ra trong ba cuộc hôn nhân đầu tiên đều không có quyền thừa kế ngai vàng - ngay cả hoàng tử mới 3 tuổi (Dmitri Ivanovich), kết quả của cuộc hôn nhân giữa Sa hoàng với công chúa Maria Nagaya. Sau khi biết thông tin này, Maria Nagaya dẫn con về sống ở Uglich cho đến khi con trai qua đời bất ngờ năm 1591 lúc 10 tuổi.

Sau khi hoàng tử bé Dmitri mất lúc 10 tuổi, người dân Nga vì nghi ngờ Godunov có dính dáng đến âm mưu ám sát hoàng tử nên họ nổi dậy khởi nghĩa. Cuộc khởi nghĩa nhanh chóng bị đàn áp, quả chuông báo tử của hoàng tử Dmitri thì được Godunov đem ra công khai một thời gian rồi đưa ra bỏ ở vùng Sibiria[4]. Một hội đồng điều tra do Suiskii lập ra và kết luận, cậu bé chết vì đã tự cắt cổ họng của mình trong một cơn động kinh. Bà vợ góa của Ivan IV thì tuyên bố rằng con trai bà đã bị giết bởi các người thân cận của Boris. Tội lỗi của Godunov không được xét xử và ngay sau đó, mẹ của Dmitri bị buộc phải lấy mạng che mặt và vụ ám sát hoàng tử Dmitri bị chìm vào quên lãng.